No existen vestigios de los tiempos vándalos, suevos, alanos y godos. En 713 pasó Huelva a poder de los árabes, quienes la llamaron Welba y Gaelbah. Reconquistada Sevilla por Fernando III el Sabio en 1248, el rey moro Axafat (último monarca sevillano) conservó los estados de Aznalcázar, Niebla y Sanlúcar la Mayor, continuando Huelva en poder de los agarenos. Íñigo de Mendoza la arrebató de los moros en 1238, incorporándose a la corona de Castilla. Subdividida en señoríos, en 1293 Sancho el Bravo concedió a Juan Matha de Lara (su camarero mayor) la villa de Huelva en señorío vitalicio. Muerto Lara en 1299, Fernando IV hizo merced de la villa de Huelva a Diego López de Haro, señor de Vizcaya. Al fallecimiento de éste, doña Urraca o doña Betanza adquirió la villa de Huelva por 24.000 maravedises. Retirada doña Urraca a Portugal en 1317, la villa quedó bajo el amparo del Infante don Pedro, tío y tutor de Alfonso XI, siendo incorporada a la corona.

Alfonso XI la cedió en 1338 a Alonso Méndez de Guzmán. Muerto el monarca, su sucesor Pedro I confiscó los bienes de Guzmán por su parentesco con doña Leonor, favorita del rey muerto. No se conoce cómo Huelva pasó a poder de los Cerda. Se deduce que por voluntad de Enrique II y ratificado por Juan I en 1371, se dio posesión a Bernardo de Bear y doña Isabel de la Cerda, su esposa, de Gibraleón. En los Anales de Diego de Zúñiga se afirma que Huelva pasó como dote a la casa de Medina-Sidonia, por desposorio de María de la Cerda. En el siglo XVI adquirió Huelva gran importancia marítima. De la ciudad de Huelva fueron muchos de los marineros que acompañaron a Colón en sus expediciones. De ella es también el piloto Alonso Sánchez de quién se afirma que descubrió el nuevo mundo antes que Colón. El siglo XVII, Felipe IV la declaró libre y exenta de leva. En 1755 un terremoto destruyó la mayor parte de sus edificios.